Podstawę prawną działania Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Olsztynie stanowi ustawa z dnia 12 października 1994 r. o samorządowych kolegiach odwoławczych (Dz.U. z 2018 r., poz. 570) oraz rozporządzenia wydane w oparciu o delegację ustawową.

Zgodnie z wyżej wymienioną ustawą samorządowe kolegia odwoławcze są organami wyższego stopnia w indywidualnych sprawach z zakresu administracji publicznej należących do właściwości samorządu terytorialnego, właściwymi do rozpatrywania odwołań od decyzji, zażaleń na postanowienia, żądań wznowienia postępowań lub stwierdzenia nieważności decyzji w trybie uregulowanym przez przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego oraz ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2022 r., poz. 2651 ze zm.). Kolegium orzeka również w innych sprawach określonych w odrębnych ustawach.

Zgodnie z art. 8 ust. 2 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz.U. z 2023 r., poz. 1270 ze zm.) jednostki sektora finansów publicznych mogą być tworzone na podstawie niniejszej ustawy albo na podstawie odrębnych ustaw. Sektor finansów publicznych tworzą między innymi jednostki budżetowe (art. 9 pkt 3 ustawy o finansach publicznych). Jedną z takich ustaw, o której mowa w art. 8 ust. 2 ustawy o finansach publicznych, jest ustawa z dnia 12 października 1994 r. o Samorządowych Kolegiach Odwoławczych, której art. 3 stanowi, że Kolegia są państwowymi jednostkami budżetowymi.

Jednostkami budżetowymi są takie jednostki organizacyjne sektora finansów publicznych, które pokrywają swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadzają na rachunek odpowiednio dochodów budżetu państwa albo budżetu jednostki samorządu terytorialnego.